FACULTY

PIZZI CINZIA

Ricercatore universitario confermato

ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI

Address: VIA G. GRADENIGO, 6/B - PADOVA

Phone: 0498277921

Fax: 0498277689

E-mail: cinzia.pizzi@unipd.it

Office hours: Martedi' 14:30 - 15:30 Luogo: Stanza 322b, terzo piano sede DEI/G del Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione - via Gradenigo 6 - Padova
Note: Si prega di inviare una mail per richiedere un appuntamento.

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2016

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2016

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2015

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2015

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2014

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2014

Algoritmi per la bioinformatica
Codice: INN1027815 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2013

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2013

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2008 / Anno Accademico: 2012

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2008 / Anno Accademico: 2011

Informatica teorica
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2008 / Anno Accademico: 2010

C.Pizzi è ricercatore al Dip.to di Ing. dell'Informazione, Univ. di Padova dal 2011. La sua ricerca è nell'ambito di algoritmi su stringhe, strutture dati, bioinformatica, reti sociali. In particolare si è occupata di approcci compatti per la ricerca e la scoperta di segnali biologici utilizzando pattern con variabilità, co-occorrenze, matrici di posizione pesate. Recentemente si interessa di metodi alignment-free per il confronto di sequenze e di analisi di reti sociali dinamiche.
C.Pizzi ha conseguito la Laurea in Ing. Informatica nel 2001 (con lode) e il dottorato in Ing. Informatica ed Elettronica Ind. presso Univ. di Padova nel 2005. Dopo una borsa di studio Marie-Curie presso European Bioinformatics Institute (EBI), è stata postdoc al Dip. di Informatica, Univ. di Helsinki, e nel 2007 ha ottenuto una INRIA fellowship presso Univ. Lyon I. Nel 2008 è rientrata all'Univ. di Padova, dove ha vinto il premio di ricerca "Avere Trent'anni", e nel 2010 ha ricevuto la nomination come "Outstanding Young Researcher" dal Dip. di Ing. dell'Informazione. Ha visitato il Renyi Inst. of Math. (Accademia delle Scienze Ungherese), GeorgiaTech e Purdue Univ. (USA), EBI (Cambridge, UK), Seoul Univ. Ha tenuto seminari su invito in diversi instituti internazionali. È stata membro nel comitato di programma di WABI e altre conferenze internaz. di bioinformatica, e nel comitato org. di RECOMB 2006. È revisore per riviste e conferenze intl. di Informatica e Bioinformatica. La sua ricerca è stata supportata da: progetti di ateneo, EU project HuBi, Marie Curie Transfer of Knowledge e Early Stage fellowships; INRIA fellowship; EU project Regulatory Genomics, Academy of Finland; progetti di ricerca nazionali PRIN e FIRB. E' attualmente Principal Investigator (Responsabile Nazionale) di un PRIN.

Esperienza nell'ambito della Didattica, DEI, Univ. di Padova
C.Pizzi è Professore Aggregato di “Informatica Teorica" (laurea triennale Ing. dell’Informazione) dall’A.A. 10/11. In precedenza è stata titolare (a contratto) del medesimo insegnamento per la Laurea Specialistica in Informatica (05/06-07/08). Dal 2013 è anche docente del corso “Algoritmi per la Bioinformatica”. È stata relatore e correlatore di tesi di Laurea Triennale, Specialistica e Magistrale in Ing. Informatica e dell’Informazione.

Attività di servizio alla Comunità Scientifica
C.Pizzi è stata membro di Comitato di Programma di WABI, ITBAM, Global Health, Artificial Intelligence in Medicine, del Comitato Tecnico IEEE-WCCI 2008, del Comitato Organizzazione RECOMB06. È revisore per numerose riviste internazionali (ad es. Theoretical Computer Science, Journal of Discrete Algorithms, BMC Bioinformatics, Bioinformatics, ACM/IEEE Transaction in Computational Biology), e conferenze internazionali (CPM, SPIRE, ICALP)

Borse e premi di studio
Nomination “Outstanding Young Researcher”, 2010; Premio di Ricerca "Avere Trent'Anni", 2008; EU Marie-Curie Fellowship, 2005; borsa di dottorato, 2003-2004; Fondazione Ing.A.Gini: borsa di studio 98/99 e Premio di ricerca 1999; borsa di studio Erasmus 98/99

Seminari su Invito
Workshop on Combinatorial Algorithms in Bioinformatics, 2012; Renyi Inst. for Math., 2010; Inst. fur Bioinformatics, Univ. of Bielefeld, 2010; Dagstuhl Seminar 2010 e 2006; Univ. della Calabria, 2009; Notte della Ricerca Padova, 2008; Texas A&M University, USA, 2008; Haifa Intl. Stringology Research Workshop, 2006; Dept.Statistics, Univ.Oxford, UK, 2005; Univ. of Helsinki, 2005

Selected Publications:

INTERNATIONAL JOURNAL
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Irredundant Tandem Motifs
Theoretical Computer Science, 525:89-102, 2014
- A.Apostolico, P.L.Erdos, E.Gyory, Z.Liptak, C.Pizzi
Efficient Algorithms for the Periodic Subgraphs Mining Problem
Journal of Discrete Algorithms,17:24-30,2012
- A.Apostolico, C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Algorithms for the Discovery of Gapped Factors
Algorithms for Molecular Biology,6:5,2011
- A.Apostolico, M.Barbares, C.Pizzi
Speedup for a Periodic Subgraph Miner
Information Processing Letters,111:521-523,2011
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Finding significant matches of position weight matrices in linear time
IEEE Transaction on Computational Biology and Bioinformatics,8(1):69-79,2011
- J.Korhonen, P.Martinmaki, C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences
Bioinformatics,25(23):3181-3182,2009
- C.Pizzi
k-difference matching in amortized linear time for all the words in a text
Theoretical Computer Science,410(8-10):983-987,2009
- A.Apostolico, C.Pizzi
Scoring Unusual Words with Varying Mismatch Errors
Mathematics in Computer Science, Special Issue in Combinatorial Algorithms,1(4):639-653,2008
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Fast Profile Matching Algorithms
Theoretical Computer Science,395(2-3):137--157, Special Issue SAIL: String Algorithms, Information and Learning,2008
- A.Apostolico, C.Pizzi
Motif Discovery by Monotone Scores
Discrete Applied Mathematics,155(6-7):695-706,2007, Computational Molecular Biology Series
- C.Pizzi, S.Bortoluzzi, A.Bisognin, A.Coppe, G.A.Danieli
Detecting Seeded Motifs in DNA Sequences
Nucleic Acids Research,33:e135,2005,Cover Paper
- S.Bortoluzzi, A.Coppe, A.Bisognin, C.Pizzi, G.A.Danieli
A Multistep Bioinformatic Approach Detects Putative Regulatory Elements in Gene Promoters
BMC Bioinformatics,6:121,2005

BOOK CHAPTERS
C.Pizzi
Motif discovery with compact approaches - design and applications
In: Ning-Sun Yang (ED) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems,217-234,Intech 2011

INTERNATIONAL CONFERENCES
- A.Apostolico, C.Guerra, C.Pizzi
Alignment Free Sequence Similarity with Bounded Hamming Distance\
In Proc. of Data Compression Conference (DCC 2014), to appear
- L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Characterization and Extraction of Irredundant Tandem Motifs
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS7608,385-397,2012
- C.Pizzi
Efficient Computation of Statistics for Words with Mismatches
In proc. of Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks and Phylogenies,2010
- C.Pizzi, M.Bianco
Expectation of Strings with Mismatches Under Markov Chain Distribution
In proc. String Processing and Information Retrieval (SPIRE),LNCS5721,222-233,2009
- C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Discovery of Significant Co-occurrences with an Application to Dyad Motif Finding(abs.)
In Proc. of RECOMB Satellite on Regulatory Genomics, 2007
- C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Fast Search Algorithms for Position Specific Scoring Matrices
In proc. of Conference on Bioinformatics Research and Development,LNCS4414,239-250,2007
- A.Apostolico, C.Pizzi
Monotone Scoring of Pattern with Mismatches
In proc. Workshop on Algorithms for Bioinformatics (WABI),LNCS3240,87-98,2004
- A.Apostolico, G.Satta, C.Pizzi
Optimal Discovery of Subword Association in Strings
In proc. Intl. Conf. on Discovery Science, LNCS3245,270-277,2004