Docenti

PIZZI CINZIA

Professore associato confermato

ING-INF/05 - SISTEMI DI ELABORAZIONE DELLE INFORMAZIONI

Indirizzo: Stanza 402

Telefono: 7921

Web: https://www.dei.unipd.it/~twins

E-mail: cinzia.pizzi@dei.unipd.it

Orario di ricevimento: Luogo: Stanza 402, quarto piano sede DEI/G del Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione - via Gradenigo 6 - Padova
Note: Si prega di inviare una mail per richiedere un appuntamento.

Fondamenti di informatica (a)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2020 / Anno Accademico: 2021

Fondamenti di informatica (a)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2020 / Anno Accademico: 2021

Fondamenti di informatica (a)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2021 / Anno Accademico: 2021

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2020 / Anno Accademico: 2020

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2020 / Anno Accademico: 2020

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: INP3053372 / Ordinamento: 2020 / Anno Accademico: 2020

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2019

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2019

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2019

Strutture dati e programmazione (ult. numero di matricola pari)
Codice: SCP7081518 / Ordinamento: 2014 / Anno Accademico: 2019

Strutture dati e programmazione (ult. numero di matricola pari)
Codice: SCP7081518 / Ordinamento: 2014 / Anno Accademico: 2019

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2018

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2018

Fondamenti di informatica (numerosita' canale 1)
Codice: IN18103361 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2018

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2016

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2016

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2015

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2015

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2014

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2014

Algoritmi per la bioinformatica
Codice: INN1027815 / Ordinamento: 2009 / Anno Accademico: 2013

Informatica teorica (ult. numero di matricola da 0 a 4)
Codice: IN01103926 / Ordinamento: 2011 / Anno Accademico: 2013

C.Pizzi è professore associato al Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione, presso l'Universita' degli Studi di Padova. La sua ricerca e' nell'ambito di algoritmi e strutture dati per l'analisi di sequenze attraverso tecniche di pattern mining, con principale ambito applicativo la bioinformatica. In particolare si occupa della progettazione e sviluppo di metodi alignment-free per la genomica e la metagenomica.

C.Pizzi ha conseguito la Laurea in Ing. Informatica nel 2001 (con lode) e il dottorato in Ing. Informatica ed Elettronica Ind. presso Univ. di Padova nel 2005. Dopo una borsa di studio Marie-Curie presso European Bioinformatics Institute (EBI), è stata postdoc al Dip. di Informatica, Univ. di Helsinki, e nel 2007 ha ottenuto una INRIA fellowship presso Univ. Lyon I. Nel 2008 è rientrata all'Univ. di Padova, dove ha vinto il premio di ricerca "Avere Trent'anni", e nel 2010 ha ricevuto la nomination come "Outstanding Young Researcher" dal Dip. di Ing. dell'Informazione. Ha visitato il Renyi Inst. of Math. (Accademia delle Scienze Ungherese), GeorgiaTech e Purdue Univ. (USA), EBI (Cambridge, UK), Seoul Univ. Ha tenuto seminari su invito in diversi instituti internazionali. È revisore per riviste e conferenze intl. di Informatica e Bioinformatica. La sua ricerca è stata supportata da: PRIN 2012 (PI), progetti di ateneo, EU project HuBi, Marie Curie Transfer of Knowledge e Early Stage fellowships; INRIA fellowship; EU project Regulatory Genomics, Academy of Finland.

Esperienza nell'ambito della Didattica, DEI, Univ. di Padova
C.Pizzi insegna il corso Fondamenti di Informatica per la laurea in Ingegneria Informatica e il corso Strutture Dati e Programmazione a Statistica. In passato e' stata titolare dei corsi: Informatica Teorica e Algoritmi per la Bioinformatica.

È stata relatore e correlatore di oltre 30 tesi di Laurea Triennale, Specialistica e Magistrale in Ing. Informatica e dell’Informazione.

Attività di servizio alla Comunità Scientifica
C.Pizzi è stata membro di Comitato di Programma di numerose conferenze internazionali tra cui RECOMB, WABI, SPIRE. È revisore per numerose riviste internazionali, tra cui Theoretical Computer Science, Bioinformatics, PLOS Computational Biology, Journal of Discrete Algorithms, BMC Bioinformatics, ACM/IEEE Transaction in Computational Biology.

Borse e premi di studio
Nomination “Outstanding Young Researcher”, 2010; Premio di Ricerca "Avere Trent'Anni", 2008; EU Marie-Curie Fellowship, 2005; borsa di dottorato, 2003-2004; Fondazione Ing.A.Gini: borsa di studio 98/99 e Premio di ricerca 1999; borsa di studio Erasmus 98/99

Invited talks
C.Pizzi e' invited speaker a Computability in Europe 2020 (Combinatorial String Matching session). In passato ha tenuto seminari su invito presso prestigiose Universita' e Istituti internazionali (tra cui Univ. of Oxford, Helsinki Univ., Bielefeld Univ., Lyon Univ., Texas A&M Univ., Hungarian Academy of Science).

Selected Publications

L.Pellegrina, C.Pizzi, F.Vandin
Fast Approximation of Frequent k-mers and Applications to Metagenomics
Journal of Computational Biology, 27(4), 534-549, 2020

E.Petrucci, L.Noe, C. Pizzi, M.Comin
Iterative Spaced Seed Hashing: Closing the Gap between Spaced Seed Hashing and k-mer Hashing
Journal of Computational Biology, 27(2), 2020

S.Girotto, M.Comin, C.Pizzi
Efficient computation of spaced seed hashing with block indexing
BMC Bioinformatics, 19(15), 2018

S.Girotto, M.Comin, C.Pizzi
FSH: Fast Spaced Seed Hashing based on adjacent hashes
BMC Algorithms for Molecular Biology, 13(8), 2018

C.Pizzi, M.Ornamenti, S.Spangaro, S.E.Rombo, L.Parida
Efficient Algorithms for Sequence Analysis with Entropic Profiles
IEEE Transaction in Computational Biology and Bioinformatics, 15(1): 117-128, 2018

S.Girotto, M.Comin, C.Pizzi
Higher Recall in Metagenomic Sequence Classification Exploiting Overlapping Reads
BMC Genomics,18(10):971, 2017

U. Ferraro-Petrillo, C.Guerra, C.Pizzi
A new distributed alignment-free approach to compare whole proteomes
Theoretical Computer Science, 698:100-112, 2017

S.Girotto, M.Comin, C.Pizzi
Metagenomic reads binning with spaced seeds
Theoretical Computer Science, 698:88-99, 2017

S.Girotto, C.Pizzi, M. Comin
MetaProb: accurate metagenomic reads binning based on probabilistic sequence signatures
Bioinformatics 2016 32 (17): i567-i575

A.Apostolico, C.Guerra, G.M.Landau, C.Pizzi
Sequence Similarity Measures based on Bounded Hamming distance
Theoretical Computer Science, 638:76-90, 2016

C.Pizzi
MissMax: alignment-free sequences comparison with mismatches through filtering and heuristics
Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11:6

L.Parida, C.Pizzi, S.E.Rombo
Irredundant Tandem Motifs
Theoretical Computer Science, 525:89-102, 2014

A.Apostolico, P.L.Erdos, E.Gyory, Z.Liptak, C.Pizzi
Efficient Algorithms for the Periodic Subgraphs Mining Problem
Journal of discrete algorithms, 17:24-30, 2012

A.Apostolico, C.Pizzi, E.Ukkonen
Efficient Algorithms for the Discovery of Gapped Factors
Algorithms for Molecular Biology, 2011, 6:5

A.Apostolico, M.Barbares, C.Pizzi
Speedup for a Periodic Subgraph Miner
Information Processing Letters, 111: 521-523, 2011

C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
Finding significant matches of position weight matrices in linear time
IEEE Transaction on Computational Biology and Bioinformatics, 8(1):69-79, 2011

J.Korhonen, P.Martinmaki, C.Pizzi, P.Rastas, E.Ukkonen
MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences
Bioinformatics 2009, 25(23):3181-3182

C.Pizzi
k-difference matching in amortized linear time for all the words in a text
Theoretical Computer Science, 410(8-10): 983-987, 2009

A.Apostolico, C.Pizzi
Scoring Unusual Words with Varying Mismatch Errors
Mathematics in Computer Science, Special Issue in Combinatorial Algorithms, 1(4):639-653, 2008

C.Pizzi, E.Ukkonen
Fast Profile Matching Algorithms - a survey
Theoretical Computer Science, 395(2-3), 2008, 137-157

A.Apostolico, C.Pizzi
Motif Discovery by Monotone Scores
Discrete Applied Mathematics,155(6-7), 2007, 695-706, special issue Computational Molecular Biology

C.Pizzi, S.Bortoluzzi, A.Bisognin, A.Coppe, G.A.Danieli
Detecting Seeded Motif in DNA Sequences
Nucleic Acids Research, 33: e135, 2005 - Cover Paper

S.Bortoluzzi, A.Coppe, A.Bisognin, C.Pizzi, G.A.Danieli
A Multistep Bioinformatic Approach Detects Putative Regulatory Elements in Gene Promoters
BMC Bioinformatics 2005, 6:121